พระพิฆเนศมีพระนามและฉายาอื่น ๆ ที่ใช้เรียก เช่น "พระคณปติ" (Ganapati, Ganpati) และ "พระวิฆเนศวร" หรือ "พระวิฆเนศ" (Vighneshwara) มักเติมคำแสดงความเคารพแบบฮินดู "ศรี" ไว้นำหน้าพระนามด้วย เช่น "พระศรีฆเนศวร" (Sri Ganeshwara)

คำว่า "คเณศ" นั้นมาจากคำประสมภาษาสันสกฤตคำว่า "คณะ" (gaṇa) แปลว่ากลุ่ม ระบบ และ "อิศ" (isha แปลงเสียงเป็น เอศ) แปลว่า จ้าว[17] คำว่า "คณ" นั้นสามารถใช้นิยาม "คณะ" คือกองทัพของสิ่งมีชีวิตกี่งเทวะที่เป็นหนึ่งในผู้ติดตามของพระศิวะ ผู้ทรงเป็นพระบิดาของพระพิฆเนศ[18] แต่โดยทั่วไปนั้นคือความหมายเดียวกันกับ "คณะ" ที่ใช้ในภาษาไทย แปลว่าประเภท ชั้น ชุมชน สมาคมหรือบรรษัท[19] มีนีกวิชาการบางส่วนที่ตีความว่า "พระคณ" จึงอาจแปลว่าพระแห่งการรวมกลุ่ม พระแห่งคณะคือสิ่งทั้งปวงที่เกิดขึ้น ธาตุต่าง ๆ[20] ส่วนคำว่า "คณปติ" (गणपति; gaṇapati) มาจากคำสันสกฤตว่า "คณ" แปลว่าคณะ และ "ปติ" แปลว่า ผู้นำ[19] แม้คำว่า "คณปติ" จะพบครั้งแรกในฤคเวทอายุกว่าสองพันปีก่อนคริสตกาล ในบทสวด 2.23.1 นักวิชาการยังถกเถียงกันอยู่ว่าคำนี้หมายถึงพระคเณศพระองค์เดียวหรือไม่[21][22] ในอมรโกศ (Amarakosha)[23] ปทานุกรมสันสกฤตโบราณ ได้ระบุพระนามของพระคเณศดังนี้ "วินยกะ" (Vinayaka), "วิฆนราช" (Vighnarāja ตรงกับ "วิฆเนศ" ในปัจจุบัน), "ทไวมาตุระ" (Dvaimātura ผู้ซึ่งมีสองมารดา), [24] "คณาธิป" (Gaṇādhipa ตรงกับ คณปติ และ คเณศ ในปัจจุบัน), เอกทันต์ (Ekadanta งาเดียว), "เหรัมพะ", "ลัมโพทร" (Lambodara ผู้ซึ่งมีท้องกลมเหมือนหม้อ) และ "คชานนะ" (Gajānana)[25]

"วินายกะ" (विनायक; vināyaka) ก็เป็นอีกพระนามหนึ่งที่พบทั่วไป โดยพบในปุราณะต่าง ๆ และในตันตระของศาสนาพุทธ[26] โบสถ์พราหมณ์ 8 แห่งที่โด่งดังในรัฐมหาราษฏระที่เรียกว่า "อัศตวินายก" (Ashtavinayaka) ก็ได้นำพระนามนี้มาใช้ในการตั้งชื่อเช่นกัน[27] ส่วนพระนาม "วิฆเนศ"(विघ्नेश; vighneśa) และ "วิฆเนศวร"(विघ्नेश्वर; vighneśvara) แปลว่า "จ้าวแห่งการกำจัดอุปสรรค"[28] แสดงให้เห็นถึงการยกย่องให้ทรงเป็นเทพเจ้าแห่งการเริ่มต้นและกำจัดอุปสรรค (วิฆนะ) ในศาสนาฮินดู[29]

ในภาษาทมิฬนิยมเรียกพระนาม "ปิลไล" (Pillai; ทมิฬ: பிள்ளை) หรือ "ปิลไลยาร์" (Pillaiyar; பிள்ளையார்)[30] เอ.เค. นเรน (A.K. Narain) ระบุว่าทั้งสองคำนี้ต่างกันที่ ปิลไล แปลว่า "เด็ก" ส่วน ปิลไลยาร์ แปลว่า "เด็กผู้สูงศักดิ์" ส่วนคำอื่น ๆ อย่าง "ปัลลุ" (pallu), "เปลละ" (pell), "เปลลา" (pella) ในตระกูลภาษาดราวิเดียน สื่อความถึง "ทนต์" คือฟันหรือในที่นี้หมายถึง งา[31] อนิตา ไรนา ฐาปน (Anita Raina Thapan) เสริมว่ารากศัพท์ของ "ปิลเล" (pille) ใน "ปิลไลยาร์" น่าจะมาจากคำที่แปลว่า "ความเยาว์ของช้าง" ซึ่งมาจากคำภาษาบาลี "ปิลลกะ" (pillaka) แปลว่า ช้างเด็ก[32]

ในภาษาพม่าเรียกพระคเณศว่า "มะหา เปนเน" (Maha Peinne; မဟာပိန္နဲ, ออกเสียง: [məhà pèiɴné]) ซึ่งมาจากภาษาบาลี "มหาวินายก" (Mahā Wināyaka (မဟာဝိနာယက)[33] และในประเทศไทยนิยมใช้พระนาม "พระพิฆเนศ"[34] รูปเคารพและการกล่าวถึงของพระคเณศที่เก่าแก่ที่สุดในแถบภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้นี้พบในส่วนที่ปัจจุบันคือประเทศอินโดนีเซีย[35] ส่วนประเทศไทย กัมพูชา และเวียดนาม เริ่มพบการบูชาพระคเณศตั้งแต่ราวศตวรรษที่ 7–8[36] ซึ่งเลียนแบบจากลักษณะที่พบเคารพบูชาในอินเดียเมื่อราวศตวรรษที่ 5[37] ในศาสนาพุทธแบบสิงหลของชาวศรีลังกา พระองค์ทรงเป็นที่รู้จักด้วยพระนาม คณเทวิโย (Gana deviyo) และได้รับการบูชาเช่นเดียวกับพระพุทธเจ้า, พระวิษณุ, พระขันธกุมาร และเทพเจ้าองค์อื่น ๆ[38]